El video musical fue filmado en la iglesia Presbiteriana Immanuel ubicada en Wilshire Boulevard en Los Ángeles, California. Fue dirigido por Marc Webb, y coreografiado por Michael Rooney. El video tiene una simple temática, con Gerard Way como un sacerdote en un funeral en que la banda está participando. También hay dolientes que danzan y lloran por la muerte de Helena (interpretada por la bailarina Tracy Phillips). Cerca del final, el cadáver de Helena se levanta y baila representando su paso hacia otra vida. Después de esto ella cae nuevamente en su ataúd y es tomada por la banda y un fan (llamado Cameron), para llevar el féretro al vehículo (bajo lluvias torrenciales) y rodeados de personas danzando.
ganaron en los Premios MTV Latinoamérica "la lengua" al Mejor Artista Nuevo Internacional. También ganó un premio al Mejor Video en Kerrang! el 2005. En noviembre del 2005, el video fue nominado para dos MTVU Woodie Awards (votado por estudiantes de la universidad) y ganó el Woodie del Año. En Filipinas, “Helena” ha alcanzado un estatus de culto, esto debido a la popularidad de la música alternativa.
El video también fue votado en el n.º 1 por los televidentes de MTV Latinoamérica en el 2005, en el programa Los 100 + pedidos, y en el 2008 fue calificado como el 15º mejor video de la historia del canal, en sus 15 años. Este mismo año además obtuvo la certificación de disco de oro en Estados Unidos. En el 2010 fue considerado en el conteo de MTV Latino 10 años, 100 videos en los puestos 26 y 29 en las zonas norte y centro, respectivamente. En el año 2010 el video se llevó el segundo lugar en la cuenta regresiva de MTV Latinoamérica del top 20 videos de terror, siendo Thriller de Michael Jackson el primer lugar.
Fuente: wikipedia
